Kościół w Pieńkach Królewskich jest bardzo mały i znajduje się daleko – około 1,5 km – od osiedla Mniszek, gdzie zamieszkuje najwięcej ludności. Dlatego też istniała potrzeba budowy nowego kościoła na terenie osiedla. Zmiany polityczne w Polsce, zainicjowane w 1980 roku, ułatwiły budowę nowych kościołów i dostosowywanie podziałów parafialnych do rzeczywistych potrzeb duszpasterskich. W 1983 roku parafia pozyskała grunt (jako wieczystą dzierżawę) na Osiedlu Mniszek z przeznaczeniem na budowę kościoła św. Józefa. Budowę rozpoczęto na podstawie decyzji Wojewódzkiego Biura Planowania w Toruniu z dnia 4 czerwca 1983 roku.
Kościół św. Andrzeja Boboli wybudowany jest w stylu neogotyckim – nadwiślańskim, nie orientowany, murowany z cegły. Wzniesiony jest na rzucie prostokąta, zamkniętego trójbocznie od zachodu, mieszczącego w tej części prezbiterium. Do południowego boku kościoła, przy południowo-zachodnim narożniku przylega kwadratowa zakrystia. Otwory wejściowe i okienne mają wykrój ostrołukowy.
Kościół kryty jest dwuspadowym dachem (dachówka karpiówka ułożona w łuskę), a zwieńczenie stanowi ośmioboczna, strzelista wieżyczka, kryta ostrosłupowym dachem (trudno dostępna przy remontach). Kościół ten nie ma kruchty, co jest rzadko spotykane.
Wewnątrz kościół jest otynkowany. Sklepienie ma beczkowe, drewniane również otynkowane, a na jedną trzecią kościoła, wysunięty jest u góry chór. Kościół jeszcze jako ewangelicki posiadał organy piszczałkowe, które zostały zrabowane w czasie II wojny światowej.
Dawniej wnętrze kościoła zdobiła polichromia figurowa o tematyce eucharystycznej i dekoracyjna z symbolami Sakramentów Świętych. Główny ołtarz murowany był z cegły, bez nastawy z mosiężnymi lichtarzami, znajdował się tam obraz: Jezus wiedziony na pustkowiu. Obecnie na ścianie głównego ołtarza znajduje się obraz św. Andrzeja Boboli oraz duży krzyż i tabernakulum. Do naszych czasów przetrwały stacje Drogi Krzyżowej oraz figury: Jezusa (Serce Pana Jezusa), M. Boskiej Różańcowej, św. Antoniego, św. Teresy od Dzieciątka Jezus.
Kościół po wojnie był zniszczony i brakowało podstawowego wyposażenia do sprawowania liturgii. Pierwszą największą inwestycją był zakup dzwonu, który umieszczono przy kościele. Jak wynika z ówczesnych ogłoszeń z lat 1949-53, początki były trudne i było wiele potrzeb:
„Co do uwagi, że koniecznie potrzebne są 2 małe, czarne żałobne chorągwie – wyjaśniam, że gdyby nie rata na dzwon, byśmy zrobili zbiórkę na nie. Ale uporamy się i zdobędziemy się na to.”
„Po kartki do spowiedzi można zgłosić się do kościelnego p. Kuczwalskiego. Za kartki złożymy dobrowolną ofiarę, zależnie od zamożności rodziny. Pieniądze ofiarowane przeznaczymy na sprawienie własnych kołnierzy dla naszych ministrantów i nakrycie na pulpit.”
„Prawdopodobnie uda się nam zrobić świecę paschalną. Chcemy jeszcze dać zrobić krzyż rezurekcyjny na ołtarz.”
„Sprawiliśmy do naszego kościoła czarne i zielone kołnierze dla ministrantów. Daliśmy zrobić kolorowe nakrycie na ołtarz i nowe obrusy ołtarzowe. Dzwonki ołtarzowe są też już spłacone. Tym wszystkim, którzy przyczynili się do tego swoją pracą i ofiarą oraz za wszystkie ofiarowane kwiaty, składam katolickie Bóg zapłać. W intencji ofiarodawców odbędzie się dnia 8 grudnia msza święta”.
Naczynia liturgiczne nie były przechowywane w kościele – początkowo nosił je ze sobą kościelny Jan Kuczwalski, a później przywożone były przez księdza z Szynycha. Świadczą o tym wspomnienia Pana Jerzego Grabowskiego, który był ministrantem: „Pewnego dnia ksiądz nie zabrał ze sobą teczki z naczyniami liturgicznymi, młody ministrant wsiadł na rower księdza i pojechał po nie do odległego o 5 km Szynycha – zanim organista skończył pieśń na wejście naczynia były już na miejscu .”
Wnętrze współczesne
Obecnie kościół jest po generalnym remoncie, są również nowe ławki, a w najbliższych planach jest wstawienie okien witrażowych. Przeprowadzono również remont zakrystii i wykonano nowe meble. Doprowadzono do kościoła wodę z wodociągów gminnych. Przed kościołem wyłożono nowych chodnik i wybudowano drogę procesyjną wokół kościoła z kostki granitowej oraz założono nowe latarnie oświetlające świątynię. Kościół jest w pełni wyposażony w szaty i naczynia liturgiczne, a w razie potrzeb są one uzupełniane. W najbliższym czasie parafia chce pozyskać od lasów państwowych teren na parking przy kościele dla wciąż przybywających pojazdów. Życzeniem księdza proboszcza i parafian jest powstanie przy kościele sali do spotkań dla młodzieży i grup modlitewnych wraz z nową plebanią (obecna plebania jest oddalona od kościoła ok. 200 m).